ISPconfig gère à présent les certificats SSL automatiquement en utilisant le certbot de letsencrypt.
Pour l’utiliser automatiquement, il suffis de faire :

cd /opt/certbot
wget https://dl.eff.org/certbot-auto
chmod a+x certbot-auto
./certbot-auto

Une fois ce script exécuté, il va vous demander une adresse mail pour envoyer les notifications de renouvellement de certificat (ça se fait automatiquement rassurez-vous).
Une fois le contrat d’utilisation accepté, il va vous demander pour quels sites vous voulez activer le https.
À cette étape, il faut choisir ‘Cancel’ en tapant ‘c’ puis entrer.

Il suffis alors de redémarrer apache

service apache2 restart

Votre https sera alors activable dans la page de gestion de chacun de vos sites simplement en cochant des cases :