Un jour, je ferai un beau tutoriel pour vanter les mérites d’ISPConfig une des meilleures solutions de webmin à mon goût.
Cependant, comme on ajoute une couche applicative au fonctionnement classique d’un serveur web, quand on a des erreurs, on met plus de temps à savoir d’où elles viennent.
Par exemple, j’ai mis beaucoup de temps à comprendre d’où venait la source de toutes les symptômes suivants :

Une mise à jour d’ISPConfig 3 qui ne se passe pas bien :

«ISPConfig-3.0.4.tar.gz» sauvegardé 
mysqlcheck: Got error: 1045: Access denied for user 'root'@'localhost' 
(using password: YES) when trying to connect

Lorsqu’on a une multitude d’alerte du style :

Unable to connect to the database

Lorsque l’on créé une base de donnée sur ISPConfig, et qu’elle n’apparaît pas dans phpmyadmin.

Il faut redéfinir le mot de passe MySQL pour ISPConfig3.

Pour cela il faut simplement éditer le fichier,
/usr/local/ispconfig/server/lib/mysql_clientdb.conf
puis changer le mot de passe par votre nouveau mot de passe root de MySQL

    $clientdb_host = ‘localhost’;
    $clientdb_user = ‘root’;
    $clientdb_password = ‘supermotdepassedelamort’;

[Source]